This is mostly a symbolical post, but after the story of Edward Snowden , I wanted to do something.
So here it is: I made a pgp key with the gnu privacy guard. gpg encryption is incorperated in most email clients, but unfortunately, it is difficult to use in combination with a webmail client.

Update: my favourite website on technology, Ars technica has posted updated instructions on how to encrypt your email. At the same time, they point out while most of us are not going to do this. Lifehacker also has detailed instructions and an explanation on how public key encryption works.

My public key is here. And I also stored it on various key servers.


MD scripts and tools

When organising my files, i came across some scripts and a modified g_density for gromacs 4.07. I made them during my research project at the md group on the influence of certain substances on the membrane. Feel free to use and modify them since that’s mostly how I obtained them in the first place.

gmx_density, modified to properly centre on electro density, gromacs 4.07

VesOrder.tar.gz: Series of scripts to calculate order parameters of a sperical vesicle

PMF_Scripts.tar.gz: Series of scripts to reduce the workload if you’re doing a lot of PMF / Umbrella sampling.

A route often taken

Since about two years now, after the recommendation of a friend, I have taken up cycling.
Below is a route I take often so If you see a very old bike with some sort of brake disk in the front wheel, it might very well be me. (The brake disk is actually a sensor for my eighties era cycle computer, the iku cyclotronic)

View The map in a larger map

Beer yeast

Today was the last day of the last subject of the top master courses.

In this last week we studied the budding yeast Saccharomyces cerevisiae.
This video is made using a confocal microscope and follows the division
of two mutant yeast cells during a couple of hours.

The peroxysomes of the cells contain GFP. And no, this is not wildtype.

If the video doesn’ t play, click here for a direct link

This is what the cells look like under the even bigger magnification
of a transmission electron microscope.


Today I finished the practical part of a course in microscopy. Im way to lazy to tell you everything I did there. Let’s just say (among other thins), we analyzed amoebae. Here’s a picture of how my adopted cell moved during 7 minutes or so. Can you find it in the movie ?
(the movie is xvid, use VLC or something similar)

Gerrit the bold ameube


Filosofie vak

Ik heb laatst een algemeen aanvullend vak gevolgd bij Filosofie. “De technologische cultuur” Over wetenschap, maatschappij en de samenhang daar tussen. Misschien vraag je je af waar zoiets over gaat. En laat dat nu net een vraag van het huiswerktentamen zijn. Dus dit moest ik toch al intypen:

In de eerste colleges wordt het zogenaamde moderne/verlichte “standaardbeeld” van de wetenschap geschetst. Dat komt neer op het idee dat de wetenschap stukje bij beetje de natuur ontcijfert. Natuurlijk worden er daarin weleens fouten gemaakt. Maar door toetsing van andere wetenschappers worden die dan rechtgezet en zo komen we steeds verder.
In de 60-70 er jaren stonden er filosofen/sociologen op die het daar niet mee eens waren. Zij beargumenteerden dat alle wetenschappelijke kennis niet uit de natuur komt, maar door de wetenschappers is geconstrueerd. Nu zul je denken (dat dacht ik) dat die hippies er wraak voor willen nemen dat ze op de middelbare school de exacte vakken niet snapten. Jammer genoeg is dat niet helemaal waar. Ze zijn juist tot die theorie gekomen na het bestuderen van wetenschappers in hun natuurlijke habitat (het lab, congressen etc.). Dan blijkt dat er nogal een verschil zit tussen wat wetenschappers zeggen en denken dat ze doen en dat wat ze écht doen.

Continue reading