Elfstedentocht 2013

Gosh, this really is a dormant website.
Guess I just keep it around for the yearly elfstedentocht live map. You should be able to follow me here:

Posted in Uncategorized | Leave a comment

MD scripts and tools

When organising my files, i came across some scripts and a modified g_density for gromacs 4.07. I made them during my research project at the md group on the influence of certain substances on the membrane. Feel free to use and modify them since that’s mostly how I obtained them in the first place.

gmx_density, modified to properly centre on electro density, gromacs 4.07

VesOrder.tar.gz: Series of scripts to calculate order parameters of a sperical vesicle

PMF_Scripts.tar.gz: Series of scripts to reduce the workload if you’re doing a lot of PMF / Umbrella sampling.

Posted in Biochemistry | Comments Off

elfstedentocht 2012

Ook dit jaar doe ik weer mee met de elfstedentocht. In dit kaartje kun je tijdens de tocht zien waar we op elk moment zijn. Handig als je eten wilt brengen… ;)

Ook staat de route met doorkomsttijden van vorig jaar erop.

Posted in Uncategorized | Comments Off

HDR pictures

The last couple of years I’ve been experimenting with HDR. Below is a gallery of some pictures I made over the years. For my other pictures, also see the fotostream on the right.

Posted in Photography | Comments Off

A route often taken

Since about two years now, after the recommendation of a friend, I have taken up cycling.
Below is a route I take often so If you see a very old bike with some sort of brake disk in the front wheel, it might very well be me. (The brake disk is actually a sensor for my eighties era cycle computer, the iku cyclotronic)

View The map in a larger map

Posted in Uncategorized | Comments Off

Beer yeast

Today was the last day of the last subject of the top master courses.

In this last week we studied the budding yeast Saccharomyces cerevisiae.
This video is made using a confocal microscope and follows the division
of two mutant yeast cells during a couple of hours.

The peroxysomes of the cells contain GFP. And no, this is not wildtype.

If the video doesn’ t play, click here for a direct link

This is what the cells look like under the even bigger magnification
of a transmission electron microscope.

Posted in Uncategorized | Comments Off

microscopy

Today I finished the practical part of a course in microscopy. Im way to lazy to tell you everything I did there. Let’s just say (among other thins), we analyzed amoebae. Here’s a picture of how my adopted cell moved during 7 minutes or so. Can you find it in the movie ?
(the movie is xvid, use VLC or something similar)

Gerrit the bold ameube

 

Posted in Biochemistry | Comments Off

Filosofie vak

Ik heb laatst een algemeen aanvullend vak gevolgd bij Filosofie. “De technologische cultuur” Over wetenschap, maatschappij en de samenhang daar tussen. Misschien vraag je je af waar zoiets over gaat. En laat dat nu net een vraag van het huiswerktentamen zijn. Dus dit moest ik toch al intypen:

In de eerste colleges wordt het zogenaamde moderne/verlichte “standaardbeeld” van de wetenschap geschetst. Dat komt neer op het idee dat de wetenschap stukje bij beetje de natuur ontcijfert. Natuurlijk worden er daarin weleens fouten gemaakt. Maar door toetsing van andere wetenschappers worden die dan rechtgezet en zo komen we steeds verder.
In de 60-70 er jaren stonden er filosofen/sociologen op die het daar niet mee eens waren. Zij beargumenteerden dat alle wetenschappelijke kennis niet uit de natuur komt, maar door de wetenschappers is geconstrueerd. Nu zul je denken (dat dacht ik) dat die hippies er wraak voor willen nemen dat ze op de middelbare school de exacte vakken niet snapten. Jammer genoeg is dat niet helemaal waar. Ze zijn juist tot die theorie gekomen na het bestuderen van wetenschappers in hun natuurlijke habitat (het lab, congressen etc.). Dan blijkt dat er nogal een verschil zit tussen wat wetenschappers zeggen en denken dat ze doen en dat wat ze écht doen.

Continue reading

Posted in Uncategorized | Comments Off

Do the twist

(click for movie NIce looking isn't it? Perhaps I'll explain this later (when I understand it) Ok, perhaps not.

Bouncing

Posted in Uncategorized | Comments Off